ภาควิชาเทคโนโลยีชีวภาพ เป็นหน่วยงานที่อยู่ภายใต้สังกัดของคณะวิศวกรรมศาสตร์และเทคโนโลยีอุตสาหกรรม มหาวิทยาลัยศิลปากร ได้เริ่มเปิดการเรียนการสอน ตั้งแต่ปีการศึกษา 2535 พร้อมกับการก่อตั้งคณะวิศวกรรมศาสตร์และเทคโนโลยีอุตสาหกรรม
ในระยะเวลาที่ผ่านมา ภาควิชาเทคโนโลยีชีวภาพได้ให้ความสำคัญกับเรื่องคุณภาพและมาตรฐานทางการศึกษาและวิชาการเป็นอย่างสูง ภาควิชาฯ ได้ปรับปรุงหลักสูตรเพื่อให้ทันต่อความก้าวหน้าทางวิทยาการ และสอดคล้องกับความต้องการของหน่วยงานที่ใช้บัณฑิต คณาจารย์ประจำของภาควิชาฯ ทั้งหมดมีคุณวุฒิระดับปริญญาเอกจากมหาวิทยาลัยที่มีชื่อเสียงทั้งต่างประเทศและในประเทศ ที่มีความรู้ความเชี่ยวชาญครอบคลุมสาขาเทคโนโลยีชีวภาพด้านต่างๆ เช่น ด้านการเกษตร ด้านพืช สัตว์ จุลินทรีย์ การหมัก และสิ่งแวดล้อม รวมไปถึงเทคโนโลยีชีวภาพยุคใหม่ ได้แก่ อณูชีววิทยา เทคโนโลยีการตัดต่อยีน เทคโนโลยีเอนไซม์ นาโนเทคโนโลยีชีวภาพ เป็นต้น โดยภาควิชาฯ มุ่งเน้นให้นักศึกษามีความรู้ภาคทฤษฎีและภาคปฏิบัติอย่างลึกซึ้งสามารถแก้ปัญหาโดยใช้ความรู้พื้นฐานทางวิทยาศาสตร์และวิศวกรรมศาสตร์ได้ รวมทั้งได้จัดให้มีการฝึกงานและกิจกรรมเสริมทักษะทางด้านวิชาการ นอกจากนี้ ยังเน้นการทำงานวิจัย ทั้งที่ตีพิมพ์เผยแพร่ในวารสารระดับนานาชาติ และที่นำไปใช้ประโยชน์
ทุกหลักสูตรที่ภาควิชาเทคโนโลยีชีวภาพได้เปิดสอน ได้ดำเนินการเรียนการสอนโดยคณาจารย์ประจำของภาควิชาฯ และเป็นไปตามข้อกำหนดของสำนักงานคณะกรรมการการอุดมศึกษา (สกอ.) โดยเน้นการเรียนการสอนควบคู่กับการประยุกต์สร้างสรรค์งานวิจัย ภาควิชาฯ มีความพร้อมด้านครุภัณฑ์การศึกษาเพื่อพัฒนาการเรียนรู้และมีครุภัณฑ์สำหรับการผลิตงานวิจัยที่ทันสมัย เพื่อให้ได้คุณภาพของบัณฑิตตามเป้าหมายของหลักสูตร
วิสัยทัศน์ (Vision)
“Creative Biotechnologist and Bioprocess engineer” พัฒนานักเทคโนโลยีและวิศวกรที่มีความคิดสร้างสรรค์เพื่อตอบรับการเติบโตทางเศรษฐกิจและอุตสาหกรรมทางชีวภาพทั้งในและต่างประเทศ
พันธกิจ (Mission)
1. พัฒนาและถ่ายทอดความรู้ทางด้านเทคโนโลยีชีวภาพและวิศวกรรมกระบวนการชีวภาพ เพื่อเสริมสร้างบุคคลให้มีความรู้ในวิชาชีพ มีสติปัญญา ความคิด และความรู้สึกรับผิดชอบต่อสังคม
2. สร้างสรรค์ผลงานวิจัยทางด้านเทคโนโลยีชีวภาพและวิศวกรรมกระบวนการชีวภาพเพื่อความก้าวหน้าทางวิชาการ
3. ให้บริการทางวิชาการด้านเทคโนโลยีชีวภาพและวิศวกรรมกระบวนการชีวภาพแก่สังคม เพื่อเสริมสร้างความเข้มแข็งแก่ชุมชน และพัฒนาความสามารถ ในการแข่งขัน ระดับชาติและนานาชาติ
4. สืบสานและทำนุบำรุงศิลปะ และวัฒนธรรมอันดีงามทั้งในระดับท้องถิ่น และระดับชาติ
